本會早了解到通過外部審核，可以更客觀地評估醫院管理和服務質量水平。因此我們率先將醫院認證制度引入香港，並在私家醫院內推行。私家醫院認證共經過兩個階段：

Trent 醫院認證制度 (2000-2010)

本會成立初期的其中一項重要工作，是提升私家醫院服務的水平。當時的醫療界巨人-聖保祿醫院醫務總監方心讓爵士-於2000年提出並引進英國Trent醫院認證計劃。同年本會為全部12間私家醫院提供相關培訓，為本港歷史上首次的醫院認證。其後，兩年一度的Trent認證計劃共舉辦了六屆。

澳洲醫療標準委員會 (ACHS) 認證制度

本會與時並進，於2009年轉而洽商澳洲醫療標準委員會（ACHS）進行認證。自此以後，ACHS成為本港全體公私營醫院主要的外部認證機構。即使醫院管理局自2017年終止參與計劃，各私家醫院仍然繼續認證工作，以確保醫療質量持續改善。目前大多數私家醫院己成功獲取多輪ACHS認證，而兩間醫院由2020年起改為參與美國JCI認證計劃。